Although Flasher ARM shown that erasing is OK, but none of the sector erased.
By the way, the erasing time is as short as 0.001s, which is shorter than programming time.

The ASCII command interface for #AUTO and #ERASE are as follow:-

#AUTO

#ACK
#STATUS:INITIALIZING
#STATUS:CONNECTING
#STATUS:UNLOCKING
#STATUS:ERASING
#STATUS:PROG
RAMMING
#STATUS:VERIFYING
#OK (Total 3.279s, Erase 0.001s, Prog 2.689s, Verify 0.356s)


#ERASE

#ACK
#STATUS:INITIALIZING
#STATUS:CONNECTING
#STATUS:UNLOCKING
#STATUS:ERASING
#OK (Total 0.317s, Erase 0.001s)


Tested using SEGGER J-Flash ARM V4.24e and SEGGER J-Flash ARM V4.25f, the problem remaind unsolved.

But Flasher ARM at J-Link mode work fine.

Device used : Atmel AT91SAM7S256
In "Global setting", Auto mode affect All sector, "Automatically unlock sectors if necessary" checked & "Perform blank check before program" checked.

The project setting are as follow (.jflash):-
AppVersion = 42405
[GENERAL]
ConnectMode = 0
CurrentFile = "D:\Resources\Try01.bin"
DataFileSAddr = 0x00100000
GUIMode = 0
HostName = ""
TargetIF = 0
USBPort = 0
USBSerialNo = 0x01234567
[JTAG]
Device0_ID = 0x3F0F0F0F
Device0_IRLen = 0x00000004
Device0_Name = "Atmel"
IRLen = 0
MultipleTargets = 2
NumDevices = 1
Speed0 = 30
Speed1 = 4000
TAP_Number = 0
UseAdaptive0 = 0
UseAdaptive1 = 0
UseMaxSpeed0 = 0
UseMaxSpeed1 = 0
[CPU]
CheckCoreID = 1
ChipName = "Atmel AT91SAM7S256"
ClockSpeed = 0x02DB4000
Core = 0x070000FF
CoreID = 0x3F0F0F0F
DeviceFamily = 0x00000007
EndianMode = 0
HasInternalFlash = 1
NumInitSteps = 0
RAMAddr = 0x00200000
RAMSize = 0x00010000
UseAutoSpeed = 0x00000001
UseRAM = 1
[FLASH]
aSectorSel[1024] = 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
AutoDetect = 0
BankName = ""
BankSelMode = 1
BaseAddr = 0x00100000
CheckId = 0
CustomRAMCode = ""
DeviceName = "AT91SAM7S256 internal"
EndBank = 1023
NumBanks = 1
OrgNumBits = 32
OrgNumChips = 1
StartBank = 0
UseCustomRAMCode = 0
[PRODUCTION]
AutoPerformsErase = 1
AutoPerformsHardLock = 0
AutoPerformsHardUnlock = 0
AutoPerformsProgram = 1
AutoPerformsSecure = 0
AutoPerformsSoftLock = 0
AutoPerformsSoftUnlock = 1
AutoPerformsStartApp = 0
AutoPerformsUnsecure = 0
AutoPerformsVerify = 1
Delay = 0x000001F4
EraseType = 1
ProgramSN = 0
SNAddr = 0x00000000
SNInc = 0x00000001
Threshold = 0x00000BB8
VerifyType = 1

Please help.